2007 fanden Archäologen der Universität Zürich unter Leitung von Thomas Reitmaier Spuren prähistorischer Menschen in Plan da Mattun im Val Urschai, die bis 10.500 Jahre alt sind. Auf dem Muot Padnal gab es eine Wehrsiedlung mit Wall und Graben sowie eine Rundmauer auf dem Hügel Umbrain aus der Bronze- und Eisenzeit. Funde aus der Römerzeit sind im Val Tasna nachgewiesen, die zudem eine frühe alpwirtschaftliche Nutzung zeigen.

Im 12. Jahrhundert hatten die Herren von Tarasp in Ftan viele Güter und tätigten Schenkungen an die Klöster Müstair und Scuol, und nach dessen Verlegung auch an die Abtei Marienbert im Vinschgau. Die Entstehungszeit der Pfarrkirche St. Peter ist nicht bekannt, doch ist die Pfarrei Ftan seit 1492 belegt. 1499 und 1622 wurde Ftan durch österreichische Truppen zerstört. 1542 erfolgte der Übergang vom katholischen zum reformierten Glauben. 1652 kaufte sich Ftan von Österreich los und gehörte bis 1851 zur Gerichtsgemeinde Untertasna. Mehrmals wurde Ftan durch Lawinenniedergänge (1682 und 1720) und durch Dorfbrände (1723, 1794 und 1885) verwüstet. 1875 wurde mit Lawinenverbauungen und Aufforstungen begonnen.

Zur Rettung des Dorfteils Ftan Grond vor Rutschgefahr wurden die unstabilen Moränenböden der Palüds da Sainas entwässert. Seit dem Bau der Engadiner Talstrasse 1860 bis 1862 ist Ftan vom Hauptverkehr weitgehend abgeschnitten, infolge dessen nahm die Bevölkerung von 1850 bis 1900 von 506 auf 403 Personen ab. Manche Ftaner Familien wanderten als Cafétier und Zuckerbäcker aus und erwarben entsprechende Geschäfte in Italien, Nord- und Osteuropa.